大多數牙周病患經第一階段治療後，牙周病可以控制。但有時受限於牙齒先天構造、齒槽骨凹凸不平或軟組織型態異常等因素，會造成深的牙周囊袋殘留，建議進入第二階段的手術療程。牙周手術是小範圍的將牙齦翻開，可更清楚看到牙根與齒槽骨的狀況下進行。能達到更有效的清創、有效處理骨組織或軟組織之目的。
透過高精密技術重塑或恢復牙周組織，改善牙周環境，消除潛在風險。減低或消除牙周囊袋，使得原本清潔死角去除，醫師與患者才能夠達到定期及日常維護清潔。
若因為長期骨頭不平均破壞或凹凸不平時，修整使其符合牙齒的生理狀態。同時掃蕩剿滅細菌，牙周囊袋才能降低並且牙肉就能重新緊密貼合回牙根表面及健康齒槽骨，使牙周恢復健康，延長壽命。
手術步驟:
若條件允許，您的牙周醫師也會建議您接受牙周再生手術。除了清除病灶外，也透過高品質骨粉、膠原蛋白再生膜或牙釉基質衍生物等生物材料，提供牙周組織良好的再生復原空間。將流失的骨地基改善，回復健康狀態。牙周再生手術的技巧很重要，由受過牙周病專門訓練的醫師來處理，可得到較好的結果。
瑞士產品Emdogain證實能有效的讓失去的牙周組織恢復再生，對於保留被牙周病破壞的牙齒有正面療效。目前已廣泛於歐洲、美國、日本，臨床使用超過10年。與膠原蛋白再生膜相比，它號稱液態的再生膜能達到更微創的手術範圍，相對減少術後的不適與牙齦萎縮問題，並且臨床的經驗也顯示，牙肉的恢復也更迅速。更適用於前牙美觀要求比較高的區域。